Tybir fod carchar cyntaf Rhuthun wedi'i leoli yn Hen Lys Arglwyddiaeth Rhuthun. Adeiladwyd yr adeilad hwn, lle saif Banc y National Westminster yn awr, tua 1404 yn dilyn ymosodiad Owain Glyndwr ar y dref, ymosodiad mor ffyrnig fel nad oedd prin ddim tai wedi'u gadael yn gyfan.

Cynhaliwyd llysoedd barwnaidd, maenoraidd a llysoedd eraill; gyda'r carcharorion yn cael eu cadw mewn celloedd o dan ystafell y llys gyda'r trawstiau hynod. Treuliodd Richard Gwyn, merthyr Catholig Cymreig, bedair blynedd olaf ei fywyd wedi ei garcharu yn yr adeilad cyn ei grogi yn Wrecsam yn 1584.

Roedd mwyafrif o'r achlysuron crogi yn Rhuthun yn cael eu cyflawni yn Sgwâr Sant Pedr a gellir gweld rhan o'r crocbren ar wal ogledd-orllewinol y llys. Credir mai'r un olaf i'w roi i farwolaeth yma oedd Charles Meehan, offeiriad Jeswit, a gafodd ei grogi, ei ddiberfeddu a'i chwarteru yn 1679.

Safai'r llys lle roedd yr ynadon yn cwrdd ar gyfer y Llysoedd Chwarter (hen neuadd y dref) ynghanol y sgwâr. Fe'i adeiladwyd yn 1663 a'i chwalu yn yr 1860au.